Considerado como uno de los primeros colegios de anatomopatólogos fundados en el país, su origen se remota al 27 de Noviembre de 1974, bajo el nombre de Sociedad Jalisciense de Anatomía Patológica y Citología, conformado por iniciativa del Dr. Roberto Vázquez Pallares, en conjunto a 21 profesionales de la especialidad, esto con el fin de formar una agrupación médica en el rubro de la Anatomía Patológica y buscando satisfacer la superación profesional académica, así como la difusión del conocimiento, el intercambio científico, cultural y social con otras agrupaciones medicas nacionales y extranjeras, en defensa y dignificación de la especialidad, así como promover la cooperación y relaciones amistosas entre sus socios y difundir entre el público no medico aquellos conocimientos que puedan redundar en una actividad de cooperación por el bien del paciente.

El 24 de Febrero de 1997, compareciendo ante el notario publico, el Dr. Ezequiel Velez Gomez junto a los agremiados, se acordó cambiar la denominación de la asociación por la de Colegio Jalisciense de Anatomía Patológica y Citología, A. C., proponiendo reformas sustanciales a la estructura de la sociedad, con la finalidad de actualizarla, acorde a las necesidades de una comunidad rápidamente cambiante.

Actualmente, continuamos con el compromiso de promover el conocimiento y actualización continua, así como fomentar el intercambio científico y social de sus agremiados con otras agrupaciones de nuestra especialidad, con apoyo de las herramientas de difusión y tecnología vigentes, en pro del desarrollo científico, el servicio y la colaboración con la comunidad jalisciense.